耶鲁大学生物医学工程系研究生阶段开设有以下学位项目，分别是：

生物医学工程硕士：为期1年，共需修读8门课程，其中包括2门实验室轮转课程，另外还有1门短期伦理课程。该项目要求申请者本科毕业，不限专业背景，对于非理工科专业背景的申请者，需修读过理工科相关课程，大部分被录取的学生拥有工程、生物学、化学、物理、数学和/或计算机科学专业背景。该项目被录取的学生GRE平均阅读百分比排名为74%，GRE数学为89%，本科平均GPA为3.6。该项目属授课型项目，偏向就业，不可申请PhD项目，如申请者计划日后攻读PhD学位，可直接申请该系开设的PhD项目。该项目无奖学金，学生需自费攻读，仅有少数学生作为本科生助教，可获得助教补助

生物医学工程博士：为期4-7年（视论文完成情况），要求申请者本科毕业，不限专业背景，对于非理工科专业背景的申请者，需修读过理工科相关课程，大部分被录取的学生拥有工程、生物学、化学、物理、数学和/或计算机科学专业背景。该项目被录取的学生GRE阅读百分比排名通常在53%-95%之间，平均为86%，GRE数学百分比排名通常在75%-98%，平均为92%，本科平均GPA为3.82。该项目属研究型项目，偏向研究和学术，比如对生物医学影像感兴趣的申请者，需要拥有数学与编程经验。该项目向学生提供全额奖学金，涵盖全部学生和每月$2500+生活补助，学生在研一以助教资格获得助教奖学金，研一之后，选择导师，开始以助研的身份获得助研奖学金