康奈尔大学土木与环境工程系研究生阶段开设有以下五种学位项目，分别是：

土木与环境工程工程硕士：为期1年，共需修读30个学分，无需撰写毕业论文，而是以工程项目代替。该项目要求申请者本科毕业，拥有适当的工程学专业背景。该项目是就业导向的，无意从事研究工作或攻读PhD的学生，应当选择该项目。该项目同样可为进入PhD项目做准备

土木与环境工程理学硕士：为期2年，属于研究导向项目，入读该项目的学生一般都是以PhD为最终攻读目的的。事实上，康奈尔土木与环境工程系极少招收只攻读MS项目的学生。该项目要求撰写毕业论文，无所谓修读学分，单纯以研究论文为主，是否需要补充修读学分课程由导师决定。该项目要求申请者本科毕业，拥有适当的工程学专业背景，环境方向亦可招收物理或数学专业毕业的学生

土木与环境工程硕博连读项目：为期5-7年，要求申请者本科毕业，拥有适当的工程学专业背景，环境方向亦可招收物理或数学专业毕业的学生。对绝大多数欲攻读PhD项目的本科学生来讲，该项目属于最主要的申请对象，而非上述土木与环境工程理学硕士项目

土木与环境工程博士：为期3-5年，要求申请者硕士毕业，拥有适当的工程专业背景。需要注意的是，该项目不直接招收本科毕业生，本科毕业生应当申请硕博连读项目

工程管理硕士：为期1-1.5年（2-3个学期），共需修读30个学分，是为本科工程专业毕业，意欲走上工程技术管理岗位的学生准备的。该项目学习的内容包括管理科学、项目管理、决策与风险分析、会计与金融、组织行为学等