北卡罗来纳大学教堂山分校生物医学工程系是与北卡罗来纳州立大学合作开设，学生可通过任意一所学校研究生院递交申请，其研究生阶段设有以下学位项目，分别是：

生物医学工程硕士：为期2年，对于有很强工科背景的学生而言，共需修读30个学分，要求申请者本科毕业，拥有工程或理数专业背景，建议拥有工程专业背景，外加修读过至少1门生物学课程，如未满足上述背景，须在入学前或入学后第一学年补修相关前置课程，研究生院要求GRE3.0以上，但通常该系被录取的学生GPA在3.33以上，要求递交GRE成绩，研究生院要求GRE50%以上，但通常该系被录取的学生GRE阅读和数学百分比排名分别在50%和70%以上。硕士项目通常没有奖学金。

生物医学工程博士：为期4-7年（视论文完成情况看），共需修读52个学分，要求申请者本科毕业，拥有工程或理数专业背景，建议拥有工程专业背景，外加修读过至少1门生物学课程，如未满足上述背景，须在入学前或入学后第一学年补修相关前置课程，研究生院要求GRE3.0以上，但通常该系被录取的学生GPA在3.33以上，要求递交GRE成绩，研究生院要求GRE50%以上，但通常该系被录取的学生GRE阅读和数学百分比排名分别在50%和70%以上。该系确保向所有被录取的PhD学生提供第一学年奖学金，主要以内部Fellowship、TA和RA形式。第一学年之后，主要奖学金形式为RA，不论何种奖学金形式，均免缴全部学费和医疗保险，学生仅需缴纳有限的杂费。