乔治华盛顿大学生物医学工程系研究生阶段开设有以下学位项目，分别是：

生物医学工程硕士：为期2年，共需修读30个学分，要求申请者本科毕业，拥有生物医学工程专业背景，本科最后60个学分GPA3.0以上，要求递交GRE成绩，但未设定最低分数要求，通常校方建议GRE数学百分比排名60%以上。如申请者拥有其它专业背景，须补修相关前置课程。该项目在雾谷（雾谷）授课，靠近本校的医学院和乔治华盛顿医院，方便授课。设有Thesis和Non-thesis课程设置，学生可以选择医学成像或医学仪器

管理生物医学工程硕士：该项目属交叉学科项目，由生物医学工程系与本校的医学与卫生科学学院共同开设，为期12-24个月（基本相当于3个学期），共需修读30个学分。此项目旨在对工程师在研究生阶段培训其在管理科学、生物医学创新和企业管理方面的技能。该项目毕业生的管理技巧相当于拥有5-7年工作经验的工程师水准，这使其在医疗设备或成像企业，更有竞争力

生物医学工程博士：为期4~6年，共需修读54个学分，要求申请者本科毕业，拥有与生物医学工程相关背景，本科GPA3.4以上，要求递交GRE成绩，但未设定最低分数要求，通常校方建议GRE数学百分比排名80%以上。该项目属交叉学科项目，目前还与医学院和乔治华盛顿医院以及国立卫生研究院和食品药品监督管理局有开展合作研究