南卫理公会大学经济学系研究生阶段开设有以下学位项目，分别是：

经济学文学硕士：该项目仅面向目前正在就读或之前已经就读过南卫理公会大学经济学PhD项目的学生，设有两个方向，分别是：专为被录取至PhD项目，且修完至少1学期的必修课程，并且认为自身还未做足继续攻读PhD项目准备的学生开设；专为正在攻读PhD项目，在通过微观经济学理论和宏观经济学理论考试并且修完30个学分，有资格获得MA学位的学生开设。

应用经济学硕士：为期1年，共需修读30个学分，要求申请者本科毕业，不限专业背景，修读过12个学分经济学课程，包括两门中级理论课程，一门微观经济学价格理论课程，一门宏观经济学课程，一门统计概论课程和一门微积分课程，本科GPA3.0以上，如GPA不足3.0，须递交GRE成绩，且取得300分以上成绩。该项目2011年共收到41份申请，录取27人。经济学系未向硕士生提供奖学金。

应用经济学与预测分析硕士：为期1年，共需修读30个学分，要求申请者本科毕业，不限专业背景，修读过12个学分经济学课程，包括两门中级理论课程，一门微观经济学价格理论课程，一门宏观经济学课程，一门统计概论课程和一门微积分课程，本科GPA3.0以上，如GPA不足3.0，须递交GRE成绩，且取得300分以上成绩。该项目属经济学系相对较新的硕士项目，学生可以在不同环境下预测消费者行为，并定制出符合消费者兴趣，并满足其需求的产品。项目侧重于经济分析和决策制定，以及计量方面的课程，还有一部分统计学、工程学或商科课程。

经济学博士：为期4-7年（视论文完成情况），要求申请者本科毕业，不限专业背景，但由于该项目涉及到许多数学和统计学知识，比如经常用到微积分、微分方程、实分析和线性代数相关知识，因此所有申请者必须修读过一些本科经济学课程，如中级微观经济学和中级宏观经济学课程，本科GPA3.0以上，要求递交GRE成绩，如希望获得奖学金，须达到310分，无需面试。该项目最近年份每年收到100+份申请，招收5-8名学生，研究生中80%的学生为国际学生。经济学系向60%-80%的PhD学生提供奖学金，入读此项目第一学年之后，且满足一定要求，所有学生均可获得TA或RA奖学金。