南卫理公会大学数学系研究生阶段开设有以下学位项目，分别是：

计算与应用数学硕士：为期2年，要求申请者本科毕业，不限专业背景，本科修完大一和大二的微积分课程的基础上再修完18个学分的大学数学课程。数字方法、微分方程、物理和计算机科学课程、熟悉计算机编程对数学研究生项目的学习尤其有帮助，本科GPA3.0以上，要求递交GRE成绩，但未设定最低分数要求。该项目共有11门课，学生必须修完2门计算数学和2门微分方程及其应用课程。如学生前两年学业表现出色，会被建议继续攻读PhD项目。MS项目的学生也有可能获得奖学金，但优先考虑向PhD学生发放。

数学博士：为期4-7年（视论文完成情况），要求申请者本科毕业，不限专业背景，本科修完大一和大二的微积分课程的基础上再修完18个学分的大学数学课程。数字方法、微分方程、物理和计算机科学课程、熟悉计算机编程对数学研究生项目的学习尤其有帮助，本科GPA3.0以上，要求递交GRE成绩，但未设定最低分数要求。数学系优先考虑向计划攻读PhD项目的学生发放奖学金，奖学金的主要形式有TA、RA、Fellowship、暑期科研补助，此外，数学系还特别向本系优秀的TA连续三年发放“Ian Gladwell and Larry Shampine Graduate Fellowships”奖学金，主要依据学生的数学、理工科成绩，本科科研经历、以及独立探索和对科研活动的强烈好奇心，获奖者必须保持每学期GPA3.5以上。