普渡大学理学院开设的计算机科学系开设的研究生学位项目有：
计算机科学博士
计算机科学硕士-信息安全方向：属专业硕士项目，主要是为本科非计算机科学背景的申请者提供的。该项目开设的研究方向有：信息安全基础、密码学、网络安全、软件安全、社会学、经济学与法律问题、安全性分析和数据安全与隐私。该项目申请截止日期为3月31日
计算机科学硕士：分带毕业论文和不带毕业论文两种
计算机科学硕士：属远程在线授课项目。全年分秋季学期和春季学期申请，秋季学期申请截止日期为7月1日，春季学期申请截止日期为11月1日。要求申请者本科毕业，拥有计算机科学或工程学专业背景。该项目以授课为主，无需撰写毕业论文

跨学科项目：
计算机科学与工程项目
统计学与计算机科学联合硕士项目
计算生命科学项目

此外，该系还向本土及国际学生提供实习项目。普渡大学计算机科学系2015学年秋季申请人数约1,192，录取人数约76；2014学年秋季申请人数约1,112，录取人数约82。该系要求申请者本科毕业，拥有计算机科学专业背景，博士项目申请还需具备相关研究或实验室经，历熟练数据结构、计算机架构、操作系统、算法分析、编程语言等基础，学习过微分方程、线性代数、数值理论、Java、C++等课程。2月份全月均可申请，结果一般在3月份公布。申请时，需递交个人简历、导师推荐信及个人研究方向和感兴趣的项目。所有学生一旦被录取均有机会获得系里提供的TA/RA或Fellowship奖学金。