卡耐基梅隆大学计算生物学系开设的研究生学位项目有：

计算生物学硕士：由计算生物学系和生物科学系联合开设。要求申请者本科毕业，拥有一般生物学相关专业背景，熟练掌握计算机科学基础。基础核心课程有计算编程、算法与高级数据结构、应用细胞与分子生物学、计算生物专业问题。该项目以授课内容为主，暑期出外实习可申请CPT。毕业生可选择企业或政府、教育机构就业。据美国劳工局就业统计得出，计算生物学家、医学家、生物化学与生物物理学家、计算机与信息研究员职业需求高于平均，平均薪资为75,000美金。国际学生无TA/RA奖学金申请，特殊情况下，硕士生可以担任助教或助研，按小时付费；系里有时会授予Fellowship奖学金

生物技术创新与计算硕士：为期1年。要求申请者本科毕业，拥有计算机科学、计算机工程、生物信息学或科技相关专业背景。核心课程包括：新技术与未来市场、竞争工程、生物技术与企业发展、重点项目。该项目以授课内容为主，提供暑期实习，毕业生就业率达100%，可进入苹果、亚马逊、谷歌、领英、IBM、雅虎、波音等巨头企业。

计算生物学博士：为期4-5年，由卡耐基梅隆大学和匹兹堡大学联合开设，国际学生占比40%。要求申请者本科毕业，不限专业背景，学习过计算机编程、数据结构、算法等基础课程（具体见外部链接）。核心课程包括机器学习、计算基因学、计算结构生物学、细胞与系统建模、计算生物学与实验室理论。该项目以研究内容为主，需要撰写毕业论文，所有录取的学生均可获得全额奖学金，每年可补助28,500-31,200美金