加州大学圣地亚哥分校斯克里普斯海洋所开设有以下五种学位项目：

高级研究硕士：学制1年，仅开设有海洋生物多样性与保护这一个专业，主要是为海洋生物学相关领域的学生进修而开设的，该专业完全自费，无奖学金。

海洋学硕士：学制2年，共计36个学分，以研究为导向，需要撰写毕业论文。该项目开设有三个专业方向——海洋学、海洋生物学和地球科学。该项目招收的人数有限，12月12日截止，其申请要求与研究生办公室的规定一致。该项目的学生主要能申请一些TA奖学金，但数量同样非常有限，因为TA奖学金也主要面向PhD学生开放

海洋学博士：该项目8月份开放申请，同年12月12日截止。主要分地球科学、海洋生物学、海洋学三个专业领域，外加3个学术项目，包括Climate-Ocean-Atmosphere Program、Geosciences of the Earth, Oceans、 Planets and the Ocean Biosciences Program。申请者需选定自己的专业领域后，再选定自己的学术项目，学术项目可以三选其二，但专业领域只可选一个。该项目所有学生一般都可以获得为期五年的全额奖学金，而且第一年通常不会向学生发放对英语口语要求较高的TA奖学金。斯克里普斯海洋所PhD项目2015秋季学期招收的学生的平均GPA为3.6，一般录取的学生的GRE成绩均在80%以上；一般每年收到的申请数在350-400之间，但只录取60-80名学生

双学位项目：MBA/PhD双学位项目，需先攻读海洋所的PhD项目，然后向雷迪商学院申请同时攻读MBA

联合博士项目：与圣地亚哥州立大学联合开设，需通过SDSU申请

加州大学圣地亚哥分校斯克里普斯海洋所各项目的申请方法、条件、学费等都与研究生办公室的规定一致，TOEFL、IELTS要求等均相同，具体如下：

正规大学本科毕业，并取得学士以上学位
GPA：不低于3.0，尤其是大三大四的GPA不应低于3.0
TOEFL：不低于80分，IELTS不低于7.0分，均无单项要求
必需递交GRE成绩，PhD项目的海洋生物学专业还需要递交相关的GRE Subject考试成绩