华盛顿大学生物工程系共设有以下五个学位项目，分别有：

5年制本硕连读项目：仅向华盛顿大学本科在校生提供。

应用生物工程硕士：为期1年，共计55个学分，属专业硕士项目。要求申请者本科毕业，拥有生物工程、工程学、生物学、物理、应用科学相关专业背景，非工程专业背景（生物学、化学、物理）亦可申请，如有相关工作或实习经验则更受欢迎。该项目以授课内容为主，无需撰写毕业论文，提供暑期实习项目。无奖学金申请，国际学生需自费攻读。该项目开设的核心课程包括生物工程临床实习、设计技能一：临床需求评估、设计技能二：设计方案、设计技能三：项目实施、高级顶点设计项目或工业实习、技术商业化基础、生物医学与创业管理、商业规划与实习、生物工程研讨会。专业方向有：生物医学成像、分子生物工程与生物材料、可再生医学与生物材料。

生物工程硕士：为期2年，共计26个学期学分。要求申请者本科毕业，拥有生物工程、化学工程、化学、物理、生物学、计算机科学、电气工程专业背景，如有相关研究或实验室（湿态或计算建模）经历则更受欢迎。该项目以授课内容为主，含有一定的研究内容，需要撰写毕业论文。毕业生可选择就业或继续攻读博士学位。该项目获得TA/RA的几率较小，基本上给与博士的名额较多，但仍然可以争取。

生物工程博士：为期4-5年，共计33个学期学分。要求申请者本科毕业，拥有生物工程、化学工程、化学、物理、生物学、计算机科学、电气工程专业背景，如有相关研究或实验室（湿态或计算建模）经历则更受欢迎，无需硕士学历即可申请。该项目以研究内容为主，需要撰写毕业论文。共计36个课程学分，包括1-2个实验室项目和1个TA项目。

制药生物工程在线硕士：主要是为在职人员提供的，运用已有的生物技术、制药技术与分子细胞生物学、药品开发与设计、制药与制药翻译领域相结合，更好的运用于实践中。

MS与PhD项目的申请者需提前列出与之研究领域相关的导师列表，3-8个不等。此外，修读部分前置课程也是录取因素之一，具体有：代数、线性代数、三角；常微分方程；信号分析；概率论与统计学；电气工程与物理；化学（包括有机化学、无机化学、生物化学）；材料科学；速率处理与数学；细胞生物学。