华盛顿大学应用数学系研究生开设有以下三种学位项目，分别是：

应用数学硕士：主要以授课内容为主，为期1年，但亦有因多修课程或选择完成thesis而2年方完成学业的。要求申请者本科毕业，拥有数学、应用数学或其它理工专业背景，学习过微积分、微分方程、线性代数、数值分析或科学计算等课程，并掌握Matlab、C、C++、Python、Fortran或其它类似的科学计算语言。该项目每年申请人数超过100人，录取26名学生，现有学生34名。

应用数学博士：所有计划将来就读PhD的 学生，应申请PhD项目，不计划就读PhD的可申请MS项目，该系默认学生申请的是PhD项目。该项目一般每年只招收约8名学生，通常有超过300人申请，录取学生15人，现有学生共190名。

计算金融与风险管理硕士：由应用数学系开设，与经济学系和商学院都联系紧密。

计算分子生物学博士：属于交叉学科项目，严格来说并非一个PhD项目，而是一个Certificate项目，凡入读该项目参与系的PhD学生均可申请入读。系华盛顿大学与弗雷德?哈彻森癌症研究中心联合开设的。该项目通过各参与系申请。华盛顿大学和哈彻森均有多个系参与，包括：应用数学系、生物化学系、生物工程系、生物系、计算机科学与工程系、基因科学系、微生物学系、基础科学系、人类生物学系。