罗格斯大学生物医学工程系研究生开设有6个学位项目，分别是：

生物医学工程理学硕士：为期2-3年，共计修读33个学分（授课学分27个）。要求申请者本科毕业，拥有生理学专业背景，或学习了研究生同等水准的生理学课程。非相关专业背景者需完成特定前置课程要求，包括：多样微积分、微积分-微分方程、细胞生物学和生理学。该项目以研究为导向，需要撰写毕业论文。这里需注意，学生需在第一个暑期结束前尽快确定毕业论文导师。核心课程包括：生物成像方法、生物信号处理与生物医学成像、生物控制，建模与计算、动力学，热力学与生物医学传输、生物力学系统。毕业生可选择就业或继续攻读博士学位。系里基本不向硕士项目学生提供奖学金。该项目开设有6个专业方向：生物材料与组织工程、生物力学与康复工程、计算生物工程与生物医学成像、分子，细胞与纳米系统生物工程、神经工程、生理系统与生物仪器。

生物医学工程硕士：为期2-3年，共计修读33个学分（授课学分30个）。要求申请者本科毕业，拥有生理学专业背景，或学习了研究生同等水准的生理学课程。非相关专业背景者需完成特定前置课程要求，包括：多样微积分、微积分-微分方程、细胞生物学和生理学。该项目以授课内容为主，偏实践应用，无需撰写毕业论文，不以博士为最终学位。建议打算攻读博士学位的申请者直接申请MS或应届本科直接申请。核心课程包括：生物成像方法、生物信号处理与生物医学成像、生物控制，建模与计算、动力学，热力学与生物医学传输、生物力学系统。系里基本不向硕士项目学生提供奖学金。

商业与科学硕士：为期2-3年，共计修读33个学分。是一门将工程、科学和数学与商业政策相关联的专业硕士项目。在这里可理解为MS/MBA项目。系里基本不向硕士项目学生提供奖学金。

生物医学工程博士：为期5-7年，共计修读72个学分。要求申请者本科毕业，拥有生理学专业背景，或学习了研究生同等水准的生理学课程。非相关专业背景者需完成特定前置课程要求，包括：多样微积分、微积分-微分方程、细胞生物学和生理学。该项目以研究内容为主，需要撰写毕业论文。博士生一旦被录取在第一年基本上可获得学系或学校授予的Fellowship奖学金，一年后主要是导师授予的TA/RA等奖学金。74%的毕业生进入企业，14%从事教学岗位，7%进入政府实验室工作，还有5%的毕业生选择创业。

医学博士与生物医学工程博士双学位项目。

生物技术博士培训项目：创建于1989年，该项目主要是由美国健康研究所设立的。该项目旨在培养新的创意品种研究人员，将基本的科学发现应用于社会、政府和企业需求的技术开发中。要求申请者拥有生物化学、化学工程、分子生物学等生物技术相关专业背景。