台湾清华大学的前身为1911年在北京设立的清华学堂,1925年设立大学部,在抗日战争期间,西迁至云南昆明,与当时的国立北京大学、私立南开大学合组成国立西南联合大学。1949年1月10日,北平军管会文化接管委员会主任钱俊瑞到校,正式宣布接管清华大学。1955年,台湾清华大学设立在台湾省新竹市。台湾清华大学首设台湾清华大学原子科学研究所,1964年恢复大学部。2016年11月1日台湾新竹教育大学并入台湾清华大学。北京清华大学与新竹清华大学现双方合作MOOC课程、学术访问制度及双联学位课程,并与厦门市三方共建“清华海峡研究院”,促进两岸学术及文化交流。